Akte I begint in een bergachtig landschap, waarin een groep feeën dansend het toneel opkomen. Zij stoppen echter spoedig en betreuren het feit dat de Feeënkoningin Iolanthe, die het populairst van allemaal was, verbannen heeft, omdat zij het gewaagd heeft met een sterveling te trouwen. Echter, de Koningin mist Iolanthe zelf ook enorm en zij geeft toe aan de wensen van de feeën Iolanthe te vergeven en terug te laten keren in hun midden.

Tot ieders verbazing heeft Iolanthe 25 jaar op de bodem van een beek gewoond, maar zodra zij de oproep van de Koningin hoort, verschijnt zij ten tonele gehuld in wier en waterplanten. Deze vallen echter snel van haar af en zij krijgt haar oude gedaante als fee weer terug. Ze legt uit dat haar zoon Strephon verloofd is met het herderinnetje Phyllis, die onder voogdij] staat van het hooggerechtshof. Als Strephon een ogenblik later verschijnt vertelt hij zijn moeder, dat hij met Phyllis wil trouwen ondanks de weigering van de Lord Chancellor (opperrechter), zonder te weten dat de Lord Chancellor zijn eigen vader is. Phyllis weet niet dat Strephon’s bovenlichaam onsterfelijk is, terwijl zijn benen sterfelijk zijn, wat de nodige complicaties met zich meebrengt.

Als de feeën zich hebben teruggetrokken komt een bijzonder indrukwekkende groep Peers (edelen) op het toneel gevolgd door de Lord Chancellor die meedeelt dat hij Phyllis aan een ieder zal uithuwelijken die zij geschikt acht om mee te trouwen. Phyllis wordt gehaald, maar beleefd wijst zij de aanzoeken af van de twee graven, Lord Tolloler en Lord Mountarrat, omdat zij met Strephon wil trouwen.
Gekrenkt door haar houding blazen de twee Lords de aftocht gevolgd door Phyllis. Bij hun terugkomst vangen zij ongezien toevallig een gesprek tussen Strephon en Iolanthe op die haar zoon belooft hem te helpen met zijn huwelijksplannen. Phyllis is geschokt door wat zij hoort, omdat zij per abuis Iolanthe voor een rivale aanziet. Als Strephon de situatie probeert uit te leggen, wordt hij uiteraard niet geloofd. Boos over Strephon’s vermeende ontrouw besluit Phyllis zich aan een van de Lords te geven, maakt niet uit welke.
Verward over Phyllis’ houding vraagt Strephon aan de Koningin hem met deze netelige situatie te helpen. De feeën trippelen weer het toneel op en de Koningin bevestigt dat Iolanthe inderdaad Strephon’s moeder is, maar de Lords geloven haar niet en maken haar belachelijk. Boos dreigt de koningin dat zij, gesteund door een enorme meerderheid van de overige feeën, Strephon aan een positie in het parlement zal helpen waarbij zij tevens zal zorgen dat zij het gemakkelijk leventje van de Lords een stuk onaangenamer zal maken, waarbij diverse privileges zullen worden afgeschaft. Zo zal ze er voor o.a. zorgen dat: “They shall sit, if he sees reason, through the grouse en salmon season, ” (zij zullen gedurende het jacht- en sportvissers seizoen aan het werk blijven als Strephon dat wenst). Aanvankelijk halen de Lords hun schouders op, maar als het hun duidelijk wordt dat de Koningin het echt meent, vallen zij op hun knieën en smeken om vergeving. De eerste acte eindigt met Phyllis die inziet in dat zij zich heeft vergist en Strephon vraagt niet meer boos op haar te zijn. Hij is echter nog steeds gekrenkt en wijst haar af waarna zij snikkend in de armen van Lord Tolloler en Lord Mountarrat valt.

Akte II opent met een scène die zich afspeelt in Palace Yard, Westminster. Private Willis staat in het maanlicht op wacht. Om de verveling te verdrijven zingt hij een schitterende satirische aria, waarin hij de Leeghoofdigheid en slaafse volgzaamheid van de leden van het Hogerhuis aan de kaak stelt. Al gauw verschijnen de fee√´n en Peers ten tonele die het enorme politieke succes van Strephon in het parlement bespreken. Hij krijgt namelijk ieder wetsvoorstel er moeiteloos door. Twee van de fee√´n, Celia en Leila, zingen dan een zeer aanstekelijk duet, waarbij zij de Lords Tolloler en Mountarrat heel geraffineerd plagen. Hierna volgt het lied van de Koningin: ‘Oh, foollsh fay. ” Hierin komt de tekst voor:

Oh, Captain Shaw,
Type of true love kept under
Could thy brigade with cold cascade
Quench my love, I wonder!

Op de premiere zorgde deze tekst voor veel hilariteit, toen de Koningin zich direct richtte op Captain Shaw, later Sir Eyre Massey Shaw, die in een loge aanwezig was. Hij was commandant van de Metropolitan Fire Brigade en en van de meest populaire mannen in de London Society. Alhoewel nu niet meer actueel is deze tekst later nooit geschrapt en als ode aan deze man bewaard gebleven.

ledereen is in een slecht humeur; de twee Lords kunnen maar niet besluiten wie van hun beiden met Phyllis zal trouwen. Het loopt zelfs zo hoog op dat het bijna op een duel uitloopt! De Lord Chancellor, die zelf ook een oogje op Phyllis heeft, is rusteloos door de onbeantwoorde liefde van Phyllis. Hij zingt zijn beruchte “nightmare song “: Love unrequited, robs me of my rest. Dit is een zgn. pattersong (to patter is ratelen) waarin in een hoog tempo een enorme hoeveelheid tekst wordt gezongen. Dit is een van de steeds weer terugkerende onderdelen in alle Gilbert & Sullivan opera’s en werd zeer gewaardeerd door het publiek! Vaak waren de reacties zo enthousiast dat het nummer meerdere malen gebisseerd werd. Je kunt je voorstellen dat de arme zanger daarna doodop was!

Aangemoedigd door de twee Lords besluit hij nog eens een poging te wagen en gezamenlijk zingen zij een fascinerend walstrio “He who shies at such a prize “. Deze aria wordt herhaald in de finale. Strephon, alhoewel ongelooflijk succesvol in het parlement, kan maar niet over zijn ruzie met Phyllis heenkomen, terwijl Phyllis zich net zo verdrietig voelt. Uiteindelijk kan hij haar overtuigen dat hij de waarheid spreekt. Hij legt uit dat zijn moeder er zo jong uitziet, omdat zij echt een fee is en hij zelf een halve sterveling. Ze leggen hun ruzie bij en ontvangen Iolanthe’s zegen, waarna zij hen vertelt dat de Lord Chancellor haar echtgenoot is en Strephon’s vader. Zij gaat onherkenbaar vermomd namens Strephon bij de Lord Chancellor pleiten om hem toestemming te geven met Phyllis te trouwen. Dit weigert hij, omdat hij zelf met haar wil trouwen. Iolanthe ziet zich gedwongen opnieuw haar gelofte te breken en onthult zich aan de Lord Chancellor als zijn vrouw waarvan hij dacht dat ze 25 jaar geleden kinderloos was gestorven. Omdat zij opnieuw haar gelofte gebroken heeft spreekt de Koningin de doodstraf over Iolanthe uit. Als zij op het punt staat het vonnis uit te voeren vliegen de overige fee√´n het toneel op en leggen de Koningin uit dat als zij Iolanthe doodt, zij alle fee√´n moet doden, omdat die ondertussen stiekem met de Peers zijn getrouwd.

Hoewel zij vasthoudt aan de wet, waarin immers duidelijk staat dat “Iedere fee die met een sterveling trouwt moet sterven ” weet de Koningin niet goed raad met de situatie. De Lord Chancellor, slim jurist als hij is, komt met de oplossing door slechts √©√©n woord aan de wet toe te voegen, nl: “Iedere fee die NIET met een sterveling trouwt moet sterven. ” De Koningin stemt in met deze oplossing en om zelf aan de wet te voldoen trouwt zij met Private Willis. De Peers gaan akkoord het House of Peers te verruilen voor het House of Peris en bij toverslag verschijnen er vleugels op hun schouders en gezamenlijk vliegt het hele gezelschap weg naar feeënland.